菌種退化會導致菌絲體生長緩慢，對環(huán)境、雜菌等的抵抗力變?nèi)?，子實體形成期提前或推后，出菇潮次不明顯等現(xiàn)象。引起菌種退化的原因很多，其中菌種不純和基因突變是主要原因，另外溫度過高、不同菌株的混合栽培等都會引起菌種退化。 　　 

防止菌種退化的措施有：保證菌種的純培養(yǎng)，注意不要用被雜菌污染的菌種，不要近距離相連接培養(yǎng)；嚴格控制菌種傳代次數(shù)，減少機械損傷，保證菌種活力；適當?shù)蜏乇４婢N，低溫型菌種如蘑菇、香菇等，在4℃　有利于保存菌絲體的活力，高溫型菌種如草菇在　16℃　有利于保存菌絲體的活力；避免在單一培養(yǎng)基中多次傳代；菌種不宜過長時間使用，超齡菌種會出現(xiàn)老化，而老化與退化是有機相連的，生活力弱的菌種很容易出現(xiàn)退化；菌種要定期進行復壯，在適溫、合適酸堿度、充足氧量、無雜菌培養(yǎng)等條件下進行；每年進行孢子分離，以有性繁殖來發(fā)現(xiàn)優(yōu)良菌株，以組織分離來鞏固優(yōu)良菌株的遺傳特性。